V souvislosti s přijetím zákona č. 113/2016 Sb., kterým se mění některé zákony v souvislosti s přijetím zákona o evidenci tržeb, což je doprovodný zákon k zákonu č. 112/2016 Sb., o evidenci tržeb, bylo s účinností od 1. 5. 2016 novelizováno ustanovení § 101a zákona o DPH týkající se elektronické formy podání, jakožto další, související paragrafy zákona o DPH.
Nově musí být podání uskutečněno výhradně datovou zprávou v odpovídajícím formátu a struktuře zveřejněné správcem daně, jinak je neúčinné a pohlíží se na něj, jako kdyby vůbec nebylo podání učiněno, a to se všemi právními důsledky. Takové podání je nutné učinit znovu v odpovídajícím formátu a struktuře. Proto veškerá podání učiněná vůči správci daně vztahující se nejen k DPH (jako např. přiznání, kontrolní hlášení, souhrnné hlášení, přihláška k registraci, přílohy apod.) se musí řídit Pokynem D-24, kterým se stanovuje formát a struktura datové zprávy, tj. formát XML.
Každopádně lze obecně doporučit, a to nikoliv pouze v souvislosti s podáváním jakýchkoliv podání vůči správci daně v oblasti DPH, ale pro jakékoliv podání (až na pár výjimek v ojedinělých případech, kdy nelze použít elektronickou komunikaci), využívání portálu finanční správy, tzv. EPO.
Další významnou navrhovanou změnou, které se snad v brzké budoucnosti dočkáme v rámci novelizace zákona o DPH, je možnost vyloučení či prominutí pokuty za opožděné podání kontrolního hlášení k DPH. Vyloučení vzniku pokuty ve výši 1 000 Kč za nepodání kontrolního hlášení lze použít pouze jednou za kalendářní rok a není nutné správce daně žádat o vyloučení této pokuty.
Výše uvedené však platí jen v případě, kdy plátce daně podá kontrolní hlášení opožděně, aniž by byl vyzván správcem daně. Nicméně o prominutí pokuty se žádat musí, a to nejpozději do tří měsíců ode dne nabytí právní moci platebního výměru, kterým bylo rozhodnuto o povinnosti uhradit tuto pokutu.
Díky novele se má také změnit lhůta pro reakci na výzvu z pěti kalendářních dnů na pět pracovních dnů. Finanční úřady by mohly rozhodnout i o prominutí pokuty, která se bude týkat sankcí ve výši 10 000 Kč, 30 000 Kč a 50 000 Kč.